盤點知本溪與知本林道水域魚類、蝦蟹類生物資源與陸域哺乳類、鳥類、兩棲類與爬行動物與稀有植物及蝴蝶與蜻蜓資源，提供棲地環境保育與長期監測的建議，指認溪流中指標物種並盤點之各項議題，提出對於知本溪之生態環境改善建議為：

• 維持正確之土砂運移管理策略
• 縱向生態廊道之改善與維持
• 依據洄游生物回游週期規劃未來施工期程
• 下游水流量跨部會之協調
• 調整水圳引水量
• 以花鰻鱺及臺灣扁絨螯蟹為知本溪之指標物種，並以其棲地條件規畫未來環境改善方向